R-Markdown evitando mensajes de carga de paquetes

He estado usando Knitr a través de R-Studio, y creo que es bastante limpio. Pero tengo un problema menor. Cuando obtengo un archivo en un R-Chunk, la salida de knitr incluye comentarios externos como sigue: 

+ FALSE Loading required package: ggplot2
+ FALSE Loading required package: gridExtra
+ FALSE Loading required package: grid
+ FALSE Loading required package: VGAM
+ FALSE Loading required package: splines
+ FALSE Loading required package: stats4
+ FALSE Attaching package: 'VGAM'
+ FALSE The following object(s) are masked from 'package:stats4':

He intentado configurar las opciones de R-chunk de varias maneras, pero aún así no parece evitar el problema: 

```{r echo=FALSE, cache=FALSE, results=FALSE, warning=FALSE, comment=FALSE, warning=FALSE} 
source("C:/Rscripts/source.R");

```

¿Hay alguna manera de comentar estos mensajes?

Author: Brian Diggs, 2012-10-26
Source

4 answers

Puede usar include=FALSE para excluir todo en un fragmento.

```{r include=FALSE}
source("C:/Rscripts/source.R")
```

Si solo desea suprimir mensajes, use message=FALSE en su lugar:

```{r message=FALSE}
source("C:/Rscripts/source.R")
```
 193
Author: Yihui Xie,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2018-08-07 21:10:52 
```{r results='hide', message=FALSE, warning=FALSE}
library(RJSONIO)
library(AnotherPackage)
```

Ver Opciones de fragmentos en los documentos de Knitr

 64
Author: cbare,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2012-10-26 16:35:46

Mi mejor solución en R Markdown fue crear un fragmento de código solo para cargar bibliotecas y excluir todo en el fragmento.

{r results='asis', echo=FALSE, include=FALSE,}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning=FALSE)
#formating tables
library(xtable)

#data wrangling
library(dplyr)

#text processing
library(stringi)
 6
Author: Paul Tyler,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2016-03-31 01:35:04

Esta es una vieja pregunta, pero aquí hay otra manera de hacerlo.

Puede modificar el código R en lugar de las opciones de chunk, envolviendo la llamada source suppressPackageStartupMessages(), suppressMessages(), y / o suppressWarnings(). Por ejemplo: 

```{r echo=FALSE}
suppressWarnings(suppressMessages(suppressPackageStartupMessages({
source("C:/Rscripts/source.R")
})
```

También puede poner esas funciones alrededor de sus llamadas library() dentro del script "source.R".

 1
Author: shadowtalker,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2017-08-21 14:11:09