Puedo aplicar varios colores de fondo con CSS3?

Sí, es posible! y puedes usar tantos colores e imágenes como desees, aquí está la manera correcta:

body{
/* Its, very important to set the background repeat to: no-repeat */
background-repeat:no-repeat; 

background-image:  
/* 1) An image              */ url(http://lorempixel.com/640/100/nature/John3-16/), 
/* 2) Gradient              */ linear-gradient(to right, RGB(0, 0, 0), RGB(255, 255, 255)), 
/* 3) Color(using gradient) */ linear-gradient(to right, RGB(110, 175, 233), RGB(110, 175, 233));

background-position:
/* 1) Image position        */ 0 0, 
/* 2) Gradient position     */ 0 100px,
/* 3) Color position        */ 0 130px;

background-size:  
/* 1) Image size            */ 640px 100px,
/* 2) Gradient size         */ 100% 30px, 
/* 3) Color size            */ 100% 30px;
}

Solo puedes usar un color pero tantas imágenes como quieras, aquí está el formato:

background: [ <bg-layer> , ]* <final-bg-layer>

<bg-layer> = <bg-image> || <bg-position> [ / <bg-size> ]? || <repeat-style> || <attachment> || <box>{1,2}

<final-bg-layer> = <bg-image> || <bg-position> [ / <bg-size> ]? || <repeat-style> || <attachment> || <box>{1,2} || <background-color>

O background: url(image1.png) center bottom no-repeat, url(image2.png) left top no-repeat;

Si necesita más colores, haga una imagen de un color sólido y úsela. Sé que no es lo que quieres oír, pero espero que ayude.

El formato es de http://www.css3.info/preview/multiple-backgrounds/

En esta DEMOSTRACIÓN EN VIVO he logrado esto usando el selector css :before que parece funcionar bastante bien.

.myDiv  {
position: relative; /*Parent MUST be relative*/
z-index: 9;
background: green;
    
/*Set width/height of the div in 'parent'*/    
width:100px;
height:100px;
}


.myDiv:before {
content: "";
position: absolute;/*set 'child' to be absolute*/
z-index: -1; /*Make this lower so text appears in front*/
   
    
/*You can choose to align it left, right, top or bottom here*/
top: 0; 
right:0;
bottom: 60%;
left: 0;
    
    
background: red;
}

<div class="myDiv">this is my div with multiple colours. It work's with text too!</div>

Pensé que añadiría esto, ya que creo que podría funcionar bastante bien para una barra de porcentaje/nivel visual de algo.

También significa que no está creando múltiples divs si no tiene que hacerlo, y mantiene esta página actualizada

Puedes usar tantos colores e imágenes como desees.

Tenga en cuenta que la prioridad con la que se representan las imágenes de fondo es FILO, la primera imagen especificada está en la capa superior, la última imagen especificada está en la capa inferior (consulte el fragmento).

#composition {
    width: 400px;
    height: 200px;
    background-image:
        linear-gradient(to right, #FF0000, #FF0000), /* gradient 1 as solid color */
        linear-gradient(to right, #00FF00, #00FF00), /* gradient 2 as solid color */
        linear-gradient(to right, #0000FF, #0000FF), /* gradient 3 as solid color */
        url('http://lorempixel.com/400/200/'); /* image */
    background-repeat: no-repeat; /* same as no-repeat, no-repeat, no-repeat */
    background-position:
        0 0, /* gradient 1 */
        20px 0, /* gradient 2 */
        40px 0, /* gradient 3 */
        0 0; /* image position */
    background-size:
        30px 30px,
        30px 30px,
        30px 30px,
        100% 100%;
}

<div id="composition">
</div>

En caso de que alguien necesite un fondo CSS con diferentes colores que repitan rayas horizontales, así es como me las arreglé para lograr esto:

body {
  font-family: 'Lucida Grande', 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif;
  font-size: 13px;
}

.css-stripes {
  margin: 0 auto;
  width: 200px;
  padding: 100px;
  text-align: center;
  /* For browsers that do not support gradients */
  background-color: #F691FF;
  /* Safari 5.1 to 6.0 */
  background: -webkit-repeating-linear-gradient(#F691FF, #EC72A8);
  /* Opera 11.1 to 12.0 */
  background: -o-repeating-linear-gradient(#F691FF, #EC72A8);
  /* Firefox 3.6 to 15 */
  background: -moz-repeating-linear-gradient(#F691FF, #EC72A8);
  /* Standard syntax */
  background-image: repeating-linear-gradient(to top, #F691FF, #EC72A8);
  background-size: 1px 2px;
}

<div class="css-stripes">Hello World!</div>

JSfiddle