O no hacer un núcleo-hack! Debe sobrescribir el Installer-Model suavemente antes de la instalación:

Pega esto en tu app/code/local/Company/InstallBugfix/etc/config.xml:

<?xml version="1.0"?>
<config>
    <modules>
        <Company_InstallBugfix>
            <version>0.1.0</version>
        </Company_InstallBugfix>
    </modules>
    <global>
        <models>
            <installbugfix>
                <class>Company_InstallBugfix_Model</class>
            </installbugfix>
            <install>
                <rewrite>
                    <installer_db_mysql4>Company_InstallBugfix_Model_Installer_Db_Mysql4</installer_db_mysql4>
                </rewrite>
            </install>
        </models>
    </global>
</config>

Y siguientes en app/code/local/Company/InstallBugfix/Model/Installer/Db/Mysql4.php:

<?php
class Company_InstallBugfix_Model_Installer_Db_Mysql4 extends Mage_Install_Model_Installer_Db_Mysql4
{
    /**
     * Check InnoDB support
     *
     * @return bool
     */
    public function supportEngine()
    {
        $supportsEngine = parent::supportEngine();
        if ($supportsEngine) {
            return true;
        }
        $variables = $this
                     ->_getConnection()
                     ->fetchPairs('SHOW ENGINES');
        return (isset($variables['InnoDB']) && $variables['InnoDB'] != 'NO');
    }
}

Y habilita la extensión. La ventaja es que la antigua validación sigue siendo correcta, si la versión de mysql es más antigua.

Ver 1.9.1.0 downloader.php

Poniendo esto para cualquiera que esté usando el downloader.php actualmente incluido en el instalador 1.9.1.0.

Si estás contento de que tu base de datos MySQL soporta InnoDB (Es la PREDETERMINADA) en versiones posteriores. Puede editar el archivo de forma segura para eliminar el cheque y toda la descarga que tenga lugar.

    /**
     * Check availabe InnoDB on database.
     *
     * @return Magento_Downloader_Validator
     */
    protected function _checkDbInnoDb()
    {
        if (!$this->_connection) {
            return $this;
        }
        $this->addMessage('Database server supports InnoDB storage engine');
        return $this;
    }

El error se solucionó en Magento CE 1.8, así que solo use las líneas anteriores para CE \leq 1.7

public function supportEngine()
{
    $variables  = $this->_getConnection()->fetchPairs('SHOW ENGINES');
    return (isset($variables['InnoDB']) && $variables['InnoDB'] != 'NO');
}

Línea 59 del archivo app/code/core/Mage/Install/Model/Installer/Db/Mysql4.php

Sustitúyase:

public function supportEngine()
 {
    $variables  = $this->_getConnection()
        ->fetchPairs('SHOW VARIABLES');
    return (!isset($variables['have_innodb']) || $variables['have_innodb'] != 'YES') ? false : true;
}    

Con esto:

public function supportEngine()
{
 /*   
     $variables  = $this->_getConnection()
        ->fetchPairs('SHOW ENGINES');
     return (!isset($variables['have_innodb']) || $variables['have_innodb'] != 'YES') ? false : true; 
*/
    return 1;
}

Estaba teniendo el mismo problema y la única forma en que funcionó fue cuando cambié la línea 59 del archivo app/code/core/Mage/Install/Model/Installer/Db/Mysql4.php de:

public function supportEngine()
{
    $variables  = $this->_getConnection()
        ->fetchPairs('SHOW VARIABLES');
    return (!isset($variables['have_innodb']) || $variables['have_innodb'] != 'YES') ? false : true;
}

Con:

public function supportEngine()
    {
        $variables  = $this->_getConnection()
            ->fetchPairs('SHOW ENGINES');
        return (isset($variables['InnoDB']) && $variables['InnoDB'] != 'YES');
    }

Y no lo encontré en ninguna parte, así que si estás luchando te garantizo que esto lo resolverá.