¿Hay alguna forma de hacer que Git marque un archivo como en conflicto?

Si el índice ya está en un estado de conflicto, simplemente revise el archivo con la bandera --conflict=merge:

git checkout --conflict=merge file

Si el índice está limpio porque el archivo no resuelto se ha agregado [erróneamente], simplemente resetéelo antes de comprobarlo:

git reset file
git checkout --conflict=merge file

Esto le permitirá reanudar la resolución de conflictos normalmente (por ejemplo, git mergetool).

NOTA: Promover un comentario a la respuesta de @jakub-narębski en su propia respuesta por solicitud de @fourpastmidnight. :)

La solución más elegante sería prevenir este problema desde el principio:
git config --global mergetool.[tool].cmd [command-line call]
git config --global mergetool.[tool].trustExitCode false

Por lo que sé, no podrá confirmar mientras un archivo todavía contenga marcadores de conflicto.... lo cual no es exactamente cierto:
El OP menciona que puedes (copio aquí su pastbin ), pero eso no será suficiente para que la mergetool se active de nuevo:

Auto-merged README
CONFLICT (content): Merge conflict in README
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.
lynx:~/test_clone$ ls
README
lynx:~/test_clone$ git add README
lynx:~/test_clone$ git commit -a
Created commit 46ee062: It works!
lynx:~/test_clone$ ls
README
lynx:~/test_clone$ cat README
<<<<<<< HEAD:README
testingtesting
=======
hmm
>>>>>>> 881d60f5f738bc5716f5c9a9384e262b535717fd:README
lynx:~/test_clone$

Como Charles Bailey comenta, e ilustra en esto ASÍ responde, la mergetool es consultada porque hay 3 instancias del mismo archivo en el índice:

Para un archivo no mezclado en un conflicto, git pone a disposición las versiones base común, local y remota del archivo en el índice. (Aquí es donde se leen para su uso en una herramienta de diff de 3 vías por git mergetool.) Puedes usar git show para verlos:

# common base:
git show :1:afile.txt

# 'ours'
git show :2:afile.txt

# 'theirs'
git show :3:afile.txt

git add (con cualquier contenido, incluyendo marcadores de conflicto) elimina automáticamente 2 de ellos, asegurando la mergetool no se volverá a llamar.

@VonC: Al principio no creé una cuenta (ahora la tengo), así que no pude publicar un comentario. Invocar git mergetool no lo detecta, parece:

Auto-merged README
CONFLICT (content): Merge conflict in README
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.
lynx:~/test_clone$ ls
README
lynx:~/test_clone$ git add README
lynx:~/test_clone$ git commit -a
Created commit 46ee062: It works!
lynx:~/test_clone$ ls
README
lynx:~/test_clone$ cat README
>>>>>> 881d60f5f738bc5716f5c9a9384e262b535717fd:README
lynx:~/test_clone$ git mergetool
merge tool candidates:  opendiff emerge vimdiff
No files need merging
lynx:~/test_clone$

Git mergetool puede aceptar un nombre de archivo, pero eso tampoco funciona:

Auto-merged README
CONFLICT (content): Merge conflict in README
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.
caracal:~/test_clone2$ git mergetool
merge tool candidates:  opendiff emerge vimdiff
Merging the files: README

Normal merge conflict for 'README':
  {local}: modified
  {remote}: modified
Hit return to start merge resolution tool (emerge): 
caracal:~/test_clone2$ ls
#*merge*#145962bz#  README  README~  README.orig
caracal:~/test_clone2$ git mergetool
merge tool candidates:  opendiff emerge vimdiff
No files need merging
caracal:~/test_clone2$ git mergetool README
merge tool candidates:  opendiff emerge vimdiff

README: file does not need merging
caracal:~/test_clone2$ ls
#*merge*#145962bz#  README  README~  README.orig
caracal:~/test_clone2$ 

Tenga en cuenta aquí también que no confirmé después de salir de git mergetool.

Utilice git update-index --unresolve

Desde git 1.7 utiliza la información resolve-undo del índice para restaurar las 3 etapas (1:base, 2:la nuestra, 3: la suya): https://github.com/git/git/commit/8aa38563b22c84b06ea1fff9638cc1f44fda726f