Generar un PNG con matplotlib cuando la VISUALIZACIÓN no está definida

Question

Generar un PNG con matplotlib cuando la VISUALIZACIÓN no está definida

Estoy tratando de usar networkx con Python. Cuando corro este programa se obtiene este error. ¿Falta algo?

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")


Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 13, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Ahora obtengo un error diferente:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Ahora obtengo un error diferente:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

277

python matplotlib graph

Author: Joel, 2010-05-10

Source

11 answers

Como complemento de la respuesta de Reinout.

La forma permanente de resolver este tipo de problemas es editar .matplotlibrc archivo. Encuéntralo a través de

>>> import matplotlib
>>> matplotlib.matplotlib_fname()
# This is the file location in Ubuntu
'/etc/matplotlibrc'

Luego modifica el backend en ese archivo a backend : Agg. Eso es todo.

68

Author: Chris.Q,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2016-11-29 09:12:56

La respuesta limpia es tomar un poco de tiempo para preparar correctamente su entorno de ejecución.

La primera técnica que tiene para preparar su entorno de ejecución es usar un archivo matplotlibrc, como recomienda sabiamente Chris Q., configurando

backend : Agg

En ese archivo. Incluso puede controlar - sin cambios de código - cómo y dónde busca y encuentra matplotlib el archivo matplotlibrc .

La segunda técnica que tiene que preparar su entorno de ejecución es usar las MPLBACKEND variable de entorno (e informe a sus usuarios para que la utilicen):

export MPLBACKEND="agg"
python <program_using_matplotlib.py>

Esto es útil porque ni siquiera tiene que proporcionar otro archivo en el disco para que esto funcione. He empleado este enfoque con, por ejemplo, pruebas en integración continua y ejecución en máquinas remotas que no tienen pantallas.

Codificar tu backend matplotlib a " Agg " en tu código Python es como golpear una clavija cuadrada en un agujero redondo con un gran martillo, cuando, en cambio, podría haberle dicho a Matplotlib que tiene que ser un agujero cuadrado.

38

Author: gotgenes,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2017-05-23 12:02:48

Solo repetiré lo que @Ivo Bosticky dijo que puede pasarse por alto. Ponga estas líneas en el MUY inicio del archivo py.

import matplotlib
matplotlib.use('Agg')

O uno obtendría un error

*/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/__init__.py:923: UserWarning:  This call to   matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,*

Esto resolverá todos los problemas de visualización

31

Author: Somum,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2014-12-18 17:29:25

Recibí el error al usar matplotlib a través de Spark. matplotlib.use('Agg') no funciona para mí. Al final, el siguiente código funciona para mí. Más aquí

import matplotlib.pyplot as plt.
plt.switch_backend('agg')

30

Author: user3282611,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2017-08-28 13:36:04

Al iniciar sesión en el servidor para ejecutar el código use esto en su lugar:

ssh -X username@servername

El -X se deshará de la variable de entorno no display name y no DISPLAY DISPLAY error

:)

13

Author: rajol kochlashvili,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2012-02-16 12:46:01

Encontré que este fragmento funciona bien al cambiar entre entornos X y no-X.

import os
import matplotlib as mpl
if os.environ.get('DISPLAY','') == '':
    print('no display found. Using non-interactive Agg backend')
    mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

9

Author: Matthias123,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2016-12-02 11:59:32

¿En qué sistema estás? Parece que tiene un sistema con X11, pero la variable de entorno de VISUALIZACIÓN no se configuró correctamente. Intente ejecutar el siguiente comando y luego vuelva a ejecutar su programa:

export DISPLAY=localhost:0

5

Author: Michael Aaron Safyan,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2010-05-10 10:37:20

import matplotlib matplotlib.use('Agg') import matplotlib.pyplot as plt

Funciona para mí.

4

Author: Qing En,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2018-01-04 03:02:07

Otra cosa a comprobar es si su usuario actual está autorizado a conectarse a la pantalla X. En mi caso, root no se le permitió hacer eso y matplotlib se quejaba con el mismo error.

user@debian:~$ xauth list         
debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xauth add debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1 ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xterm

Fuente: ~~http://www.debian-administration.org/articles/494~~ https://debian-administration.org/article/494/Getting_X11_forwarding_through_ssh_working_after_running_su

3

Author: Alex,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2018-02-18 12:41:03

Para el Motor de Aprendizaje Automático de Google Cloud:

import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

Y luego imprimir en archivo:

#PDF build and save
    def multi_page(filename, figs=None, dpi=200):
        pp = PdfPages(filename)
        if figs is None:
            figs = [mpl.pyplot.figure(n) for n in mpl.pyplot.get_fignums()]
        for fig in figs:
            fig.savefig(pp, format='pdf', bbox_inches='tight', fig_size=(10, 8))
        pp.close()

Y para crear el PDF:

multi_page(report_name)

1

Author: Kim Miller,
Warning: date(): Invalid date.timezone value 'Europe/Kyiv', we selected the timezone 'UTC' for now. in /var/www/agent_stack/data/www/ajaxhispano.com/template/agent.layouts/content.php on line 61
2017-06-25 20:02:55

score 483 · Accepted Answer

El principal problema es que (en su sistema) matplotlib elige un motor x-using por defecto. Acabo de tener el mismo problema en uno de mis servidores. La solución para mí fue agregar el siguiente código en un lugar que se lee antes de cualquier otra importación de pylab/matplotlib/ pyplot:

import matplotlib
# Force matplotlib to not use any Xwindows backend.
matplotlib.use('Agg')

La alternativa es establecerlo en su .matplotlibrc