¿Es mejor mantener el repositorio Git dentro o fuera del espacio de trabajo de Eclipse?

Soy un usuario típico de Eclipse/Subversion que comienza la migración a Git. He investigado los conceptos básicos de git y he decidido atenerme al enfoque de un proyecto por repositorio inicialmente para mantener las cosas simples. Sin embargo, todavía tengo problemas para decidir dónde colocar el repositorio para cada proyecto.

He pasado mucho tiempo revisando las respuestas a esta pregunta , aunque creo que el autor de esa pregunta estaba asumiendo que solo se puede usar Eclipse para administre el repositorio si el repositorio se encuentra dentro del espacio de trabajo de Eclipse, lo cual, por supuesto, no es cierto.

Lo que más me llamó la atención sobre esa pregunta, sin embargo, fue el hecho de que todas las respuestas excepto una (incluida la respuesta aceptada) sugirieron mantener el repositorio dentro del espacio de trabajo de Eclipse, mientras que solo una respuesta señaló que la Guía del Usuario de EGit recomienda exactamente lo contrario.

En la práctica, sin embargo, parece que hay una serie de enfoques implementados por Eclipse / EGit, algunos de los cuales parecen contradecir las recomendaciones de EGit.

Por ejemplo, si usa el Asistente para Nuevo Proyecto para crear un Nuevo Proyecto PHP desde Git y el repositorio es remoto, Eclipse/EGit creará felizmente una carpeta de proyecto en el espacio de trabajo de Eclipse y pondrá el repositorio (.git) en la carpeta del proyecto. Este es el resultado final que realmente quiero, ya que mantiene todo encapsulado dentro del espacio de trabajo de Eclipse.

Sin Embargo, si utiliza el Nuevo Asistente de Proyecto y seleccione un repositorio Git que sea local, Eclipse / EGit no clona el repositorio como lo hace para los repositorios remotos. En su lugar utiliza la copia de trabajo de ese repositorio como la ubicación del proyecto, crea su .proyecto y otras cosas meta en esa ubicación y también crea una nueva carpeta (aparentemente innecesaria) dentro de esa copia de trabajo con el mismo nombre que su proyecto (por lo que termina con, por ejemplo, ~/git/blah/blah). Si borra esa carpeta superflua, terminará con un estructura que es idéntica al primer ejemplo, la única diferencia es que la carpeta del proyecto no es una subcarpeta de la carpeta del espacio de trabajo de Eclipse, sino que está en otro lugar de su sistema de archivos (p. ej. ~/git/blah). Lo único positivo que parece tener este enfoque es que se adhiere a las recomendaciones de la Guía del Usuario de EGit, pero desde una perspectiva técnica, es difícil ver cómo esto es realmente tan diferente al primer ejemplo.

Dadas estas observaciones desconcertantes, estoy preguntándose qué tipo de experiencias han tenido las personas usando cada uno de estos enfoques y cuáles podrían ser las trampas si uno ignora las recomendaciones en la Guía del Usuario de EGit.