Error de MySQL 2006: el servidor mysql ha desaparecido


Estoy ejecutando un servidor en mi oficina para procesar algunos archivos y reportar los resultados a un servidor MySQL remoto.

El procesamiento de archivos toma algún tiempo y el proceso muere a mitad de camino con el siguiente error:

2006, MySQL server has gone away

He oído hablar de la configuración de MySQL, wait_timeout, pero ¿necesito cambiar eso en el servidor de mi oficina o en el servidor MySQL remoto?


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