¿Cuál es la diferencia entre JoinQueryOver y JoinAlias?

Funcionalmente hacen lo mismo, crean una unión a otra entidad. La única diferencia es lo que devuelven. JoinQueryOver devuelve una nueva QueryOver con la entidad actual siendo la entidad unida, mientras que JoinAlias devuelve la QueryOver original que tiene la entidad actual como la entidad raíz original.

Cualquiera que use es una cuestión de gusto personal: (de http://nhibernate.info/doc/nh/en/index.html#queryqueryover)

IQueryOver<Cat,Kitten> catQuery =
    session.QueryOver<Cat>()
        .JoinQueryOver<Kitten>(c => c.Kittens)
            .Where(k => k.Name == "Tiddles");

Y

Cat catAlias = null;
Kitten kittenAlias = null;
IQueryOver<Cat,Cat> catQuery =
    session.QueryOver<Cat>(() => catAlias)
        .JoinAlias(() => catAlias.Kittens, () => kittenAlias)
        .Where(() => kittenAlias.Name == "Tiddles");

Son funcionalmente lo mismo. Tenga en cuenta cómo se hace referencia expresa a las kittenAlias en la segunda consulta.