¿Cómo puedo esperar una afección?

Tuve el mismo problema que tenías durante más tiempo mientras usabas protractor. En mi prueba e2e empiezo en una aplicación no angular, luego entro en una porción angular, luego vuelvo a una porción no angular. Hizo las cosas difíciles. La clave es entender las promesas y cómo funcionan. Aquí hay algunos ejemplos de mi código del mundo real en una prueba e2e en funcionamiento. Esperar que esto le dé una idea de cómo estructurar sus pruebas. Probablemente alguna mala práctica en este código, por favor siéntase libre de mejorar esto, pero sé que funciona, tal vez no de la mejor manera.

Para llegar a angular utilizo

var ptor;
var events = require('events');
var eventEmitter = new events.EventEmitter();
var secondClick = require('./second-click');

beforeEach(function () {
    browser.driver.get('http://localhost:8080/');
},10000);

it("should start the test", function () {
    describe("starting", function () {
        it("should find the  link and start the test", function(){
            var elementToFind = by.linkText('Start'); //what element we are looking for
            browser.driver.isElementPresent(elementToFind).then(function(isPresent){
                expect(isPresent).toBe(true); //the test, kind of redundant but it helps pass or fail
                browser.driver.findElement(elementToFind).then(function(start){
                    start.click().then(function(){ //once we've found the element and its on the page click it!! :) 
                        ptor = protractor.getInstance(); //pass down protractor and the events to other files so we can emit events
                        secondClick(eventEmitter, ptor); //this is your callback to keep going on to other actions or test in another file
                    });
                });
            });
        });
    });
},60000);

Mientras que en angular este código funciona

 describe("type in a message ", function(){
        it("should find and type in a random message", function(){
            var elementToFind = by.css('form textarea.limited');
            browser.driver.isElementPresent(elementToFind).then(function(isPresent){
                element(elementToFind).sendKeys(randomSentence).then(function(){
                    console.log("typed in random message");
                    continueOn();
                });
            });
        });
    },15000);

Después de salir angular

browser.driver.wait(function(){
   console.log("polling for a firstName to appear");
   return    browser.driver.isElementPresent(by.name('firstName')).then(function(el){
         return el === true;
       });
     }).
   then(function(){
       somefunctionToExecute()
    });

¡Espero que eso te guíe y te ayude!