¿Cómo puedo crear una matriz de correlación en R?

Puedes usar el paquete 'corrplot'.

d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix

Más información aquí: http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

La función cor utilizará las columnas de la matriz en el cálculo de la correlación. Así, el número de filas debe ser la misma entre su matriz x y la matriz y. Ex.:

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(20), nrow=5, ncol=4)
y <- matrix(rnorm(15), nrow=5, ncol=3)
COR <- cor(x,y)
COR
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, xlab="x column", ylab="y column")
text(expand.grid(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2])), labels=round(c(COR),2))

Editar:

Aquí hay un ejemplo de etiquetas personalizadas de fila y columna en una matriz de correlación calculada con una sola matriz:

png("corplot.png", width=5, height=5, units="in", res=200)
op <- par(mar=c(6,6,1,1), ps=10)
COR <- cor(iris[,1:4])
image(x=seq(nrow(COR)), y=seq(ncol(COR)), z=cor(iris[,1:4]), axes=F, xlab="", ylab="")
text(expand.grid(x=seq(dim(COR)[1]), y=seq(dim(COR)[2])), labels=round(c(COR),2))
box()
axis(1, at=seq(nrow(COR)), labels = rownames(COR), las=2)
axis(2, at=seq(ncol(COR)), labels = colnames(COR), las=1)
par(op)
dev.off()

Echa un vistazo a qtlcharts. Permite crear matrices de correlación interactivas :

library(qtlcharts)
data(iris)
iris$Species <- NULL
iplotCorr(iris, reorder=TRUE)

Es más impresionante cuando correlaciona más variables, como en la viñeta del paquete:

Hay otras maneras de lograr esto aquí: ( Trazar la matriz de correlación en un gráfico), pero me gusta su versión con las correlaciones en las cajas. ¿Hay alguna manera de agregar los nombres de las variables a la columna x e y en lugar de solo esos números de índice? Para mí, eso haría de esto una solución perfecta. ¡Gracias!

Editar: Estaba tratando de comentar el post de [Marc en la caja], pero claramente no sé lo que estoy haciendo. Sin embargo, me las arreglé para responder a esta pregunta para yo mismo.

Si d es la matriz (o el marco de datos original) y los nombres de las columnas son lo que desea, entonces funciona lo siguiente:

axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)

Las=0 voltearía los nombres a su posición normal, los míos eran largos, así que usé las=2 para hacerlos perpendiculares al eje.

Edit2: para suprimir la función image() que imprime números en la cuadrícula (de lo contrario, se superponen con las etiquetas de las variables), agregue xaxt= 'n', por ejemplo:

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')