Combinar dos repositorios Git sin romper el historial de archivos

Necesito combinar dos repositorios Git en un nuevo tercer repositorio. He encontrado muchas descripciones de cómo hacer esto usando una fusión de subárbol (por ejemplo La respuesta de Jakub Narębski en ¿Cómo combinar dos repositorios Git?) y seguir esas instrucciones en su mayoría funciona, excepto que cuando confirmo el subárbol fusionar todos los archivos de los repositorios antiguos se registran como nuevos archivos agregados. Puedo ver el historial de confirmaciones de los repositorios antiguos cuando lo hago git log, pero si I do git log <file> muestra solo una confirmación para ese archivo - la fusión de subárbol. A juzgar por los comentarios sobre la respuesta anterior, no estoy solo en ver este problema, pero no he encontrado soluciones publicadas para él.

¿Hay alguna manera de fusionar repositorios y dejar intacto el historial de archivos individuales?